El Barranquilla Fútbol Club fue fundado en abril del año 2005 al tomar la ficha dejada por el Johann Fútbol Club. Un grupo de jóvenes empresarios barranquilleros encabezados por Arturo Char, hijo de Fuad Char, empresario de la costa y propietario del equipo de fútbol de primera división Junior de Barranquilla, quienes teniendo en cuenta que la arenosa no tenía un equipo en la Primera B del fútbol colombiano, decidieron darle a la ciudad una nueva alternativa.1
El Barranquilla Fútbol Club siempre ha estado muy apoyado deportiva y administrativamente por el Junior de Barranquilla. Incluso quien fuera presidente del Junior, Alejandro Arteta, fue presidente del Barranquilla anteriormente.2
Deportivamente no ha ganado ningún título en la Primera B del fútbol colombiano pero ha clasificando a varias finales. Su casa es el histórico estadio Romelio Martínez, antigua casa del Junior de Barranquilla.
Es reconocido por ser la cantera de jugadores del Junior. De sus filas han salido jugadores para el equipo principal como Teófilo Gutiérrez, Carlos Bacca, Luis Muriely Macnelly Torres.
